1) Кроме того, имеется заявление работника с просьбой выплачивать ему зарплату путем перевода в банк. ("Кроме того" - вводное сочетание, всегда выделяется запятыми)
2) В то же время использование этого метода при решении проблемы связано с определенными рисками. (Наречное выражение, запятые не нужны).
3) Между тем развитие инноваций для России сегодня очень актуально. (Наречие "между тем" выполняет роль обстоятельства времени и не и требует обособления запятыми)
4) В связи с этим очень просим Вас помочь установить охрану в этом кабинете. (Сочетание "в связи с этим" находится в начале предложения, запятыми не выделяется)