1) В состав департамента входят отделы по основным направлениям деятельности, положения о которых утверждаются директором департамента. (о которых – местоимение, не отделяется запятой, не является частью оборота)
2) Под профессиональной тайной понимается охраняемая законом конфиденциальная информация, ставшая известной лицу в силу исполнения им профессиональных обязанностей. (нет никакого оборота, запятая не нужна)
3) По информации издания, проект прошел государственную экспертизу. (вводные слова в значении источника сообщения, выделаются запятыми)
4) В разных направлениях, не соблюдая никаких правил движения, шли грузовые машины и автобусы с открытыми окнами. (деепричастный оборот должен быть выделен двумя запятыми)